益生菌是活性维生物的总称，包含双歧杆菌、乳杆菌、酵母菌、放线菌等。它是通过调节宿主黏膜与系统免疫功能或通过调节肠道内菌群平衡，促进营养吸收保持肠道健康的作用，从而产生有利于健康作用的单微生物或组成明确的混合微生物。益生菌可合成消化酶，它们与动物体合成的消化酶一起，参与肠道中营养物质的消化，刺激动物体分泌消化酶，降低小肠隐窝深度，增加绒毛高度，增加小肠表面积，促进肠道营养物质的吸收。
人体菌群应该保持在平衡状态，益生菌并不是越多越好，过度摄入和补充益生菌不仅不能对人体产生积极作用，还有可能导致人体脏器负荷过重，产生严重的负面作用，从而严重扰乱肠道环境。因此，科学合理的使用益生菌，才能真正有益于人体微生态平衡，有益于人的身体健康和免疫功能的增强。
在补充益生菌的时候，需要注意的是不能与抗菌类药物（如整肠生，氧氟沙星、多西环素、头孢拉定、头孢唑林、环丙沙星、庆大霉素、阿莫西林等）同时服用。因为同时服用有可能杀死或者抑制益生菌，导致抗菌药的药效不够，益生菌也不能完全发挥作用。如果要吃，那么应该明确选择对益生菌不敏感的抗菌药，且两种制剂要间隔2~3小时服用。
黄连素也属于抗菌药物，那么它能和益生菌同时服用吗？一项在中国进行的12周临床试验显示，服用黄连素和益生菌可降低糖尿病患者的血糖值。这些研究结果在《Nature Communications》刊登，显示单次服用黄连素，或服用黄连素及益生菌，比单次服用益生菌更有效降低罹患糖尿病的糖化血红蛋白数量。因为黄连及其有效成分可以抑制病原菌，增加益生菌的作用。通过调节肠道菌群，同时可以修复肠促胰酶素的分泌，改善降解酶系统，最终促进胰岛素分泌，增加胰岛素敏感性，促进外周组织对葡萄糖的吸收利用，抑制糖异生等。从而达到降血糖的作用。
日常生活中，我们在益生菌补充方面其实更应该注重适当吃些含益生菌的食物（如乳制品、奶酪），而不是过多的依赖益生菌制剂，从而能让我们的身体真正意义上达到更加健康的状态。